Client Name : | Dr. MNO |
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Date : | 1 Aug 2020 |
Project ID : | ATPL - 202001 |
Variations per Sample : | 29/38 |
Description | Gene | Protein |
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No of Mutation : | 222 | 136 |
No of SNP : | 202 | 132 |
No of Insertion : | 18 | 3 |
No of Deletion : | 2 | 1 |
PCR Product Variants Results |
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Query | Length | Protein | Length | Score | Except | Identities | Gaps | Variation | Position | Mutation_Type | PROVEAN_Input_Variants | PROVEAN Score | Prediction(cutoff = -2.5) | |||||||||
13_ampD | 901 | NP_253212.1 | 188 | 382 bits (980) | 7e-139 | 182/185 (98%) | 0/185 (0%) | A <--> V | 136 <--> 586 | SNP | 136,A,V | -0.983 | neutral | |||||||||
G <--> A | 148 <--> 598 | SNP | 148,G,A | 1.737 | neutral | |||||||||||||||||
P <--> T | 162 <--> 612 | SNP | 162,P,T | -7.888 | deleterious | |||||||||||||||||
170_ampD | 864 | NP_253212.1 | 188 | 285 bits (728) | 140/155 (90%) | 4/155 (3%) | L <--> P | 135 <--> 587 | SNP | 135,L,P | -6.802 | deleterious | ||||||||||
---- --> GRTD | 136 <--> 588 | insertion | 136,AGLT,GRTD | -10.274 | deleterious | |||||||||||||||||
G <--> A | 141 <--> 593 | SNP | 141,G,A | |||||||||||||||||||
L <--> A | 142 <--> 594 | SNP | 142,L,A | -4.094 | deleterious | |||||||||||||||||
T <--> A | 143 <--> 595 | SNP | 143,T,A | |||||||||||||||||||
L <--> G | 145 <--> 597 | SNP | 145,L,G | |||||||||||||||||||
R <--> P | 147 <--> 599 | SNP | 147,R,P | |||||||||||||||||||
A <--> G | 148 <--> 600 | SNP | 148,A,G | |||||||||||||||||||
A <--> D | 149 <--> 601 | SNP | 149,A,D | |||||||||||||||||||
F <--> H | 150 <--> 602 | SNP | 150,F,H | |||||||||||||||||||
I <--> T | 153 <--> 605 | SNP | 153,I,T | |||||||||||||||||||
T <--> H | 154 <--> 606 | SNP | 154,T,H | |||||||||||||||||||
234_ampD | 888 | NP_253212.1 | 188 | 357 bits (915) | 5e-129 | 185/188 (98%) | 0/188 (0%) | D <--> Y | 183 <--> 145 | SNP | 183,D,Y | -1.020 | neutral | |||||||||
E <--> V | 186 <--> 148 | SNP | 186,E,V | -1.574 | neutral | |||||||||||||||||
E <--> G | 187 <--> 149 | SNP | 187,E,G | -0.497 | neutral | |||||||||||||||||
313_ampD | 919 | NP_253212.1 | 188 | 362 bits (928) | 6e-131 | 187/188 (99%) | 0/188 (0%) | D <--> Y | 183 <--> 773 | SNP | 183,D,Y | -1.020 | neutral | |||||||||
397_ampD_F | 1108 | NP_253212.1 | 188 | 350 bits (899) | 2e-125 | 181/185 (98%) | 0/185 (0%) | T <--> D | 182 <--> 744 | SNP | 182,T,D | -0.700 | neutral | |||||||||
D <--> R | 183 <--> 745 | SNP | 183,D,R | -0.557 | neutral | |||||||||||||||||
405_ampD | 867 | NP_253212.1 | 188 | 295 bits (754) | 8e-105 | 158/179 (88%) | 0/179 (0%) | Q <--> P | 155 <--> 608 | SNP | 155,Q,P | -0.456 | neutral | |||||||||
H <--> P | 157 <--> 610 | SNP | 157,H,P | -9.890 | deleterious | |||||||||||||||||
C <--> L | 158 <--> 611 | SNP | 158,C,L | -3.889 | deleterious | |||||||||||||||||
D <--> R | 159 <--> 612 | SNP | 159,D,R | -6.755 | deleterious | |||||||||||||||||
I <--> Y | 160 <--> 613 | SNP | 160,I,Y | -4.886 | deleterious | |||||||||||||||||
A <--> R | 161 <--> 614 | SNP | 161,A,R | -4.524 | deleterious | |||||||||||||||||
E <--> G | 163 <--> 616 | SNP | 163,E,G | 4.039 | neutral | |||||||||||||||||
R <--> A | 164 <--> 617 | SNP | 164,R,A | -5.893 | deleterious | |||||||||||||||||
T <--> D | 166 <--> 619 | SNP | 166,T,D | -4.919 | deleterious | |||||||||||||||||
D <--> R | 167 <--> 620 | SNP | 167,D,R | -7.848 | deleterious | |||||||||||||||||
P <--> S | 168 <--> 621 | SNP | 168,P,S | -7.863 | deleterious | |||||||||||||||||
G <--> R | 169 <--> 622 | SNP | 169,G,R | -7.847 | deleterious | |||||||||||||||||
E <--> R | 170 <--> 623 | SNP | 170,E,R | -1.084 | neutral | |||||||||||||||||
A <--> G | 171 <--> 624 | SNP | 171,A,G | -2.510 | deleterious | |||||||||||||||||
D <--> S | 173 <--> 626 | SNP | 173,D,S | -5.121 | deleterious | |||||||||||||||||
W <--> T | 174 <--> 627 | SNP | 174,W,T | -12.781 | deleterious | |||||||||||||||||
S <--> G | 175 <--> 628 | SNP | 175,S,G | -1.639 | neutral | |||||||||||||||||
Y <--> A | 177 <--> 630 | SNP | 177,Y,A | -6.933 | deleterious | |||||||||||||||||
R <--> T | 178 <--> 631 | SNP | 178,R,T | -2.366 | neutral | |||||||||||||||||
410_ampD | 879 | NP_253212.1 | 188 | 362 bits (928) | 5e-131 | 186/188 (99%) | 0/188 (0%) | G <--> S | 46 <--> 719 | SNP | 46,G,S | -5.704 | deleterious | |||||||||
G <--> A | 148 <--> 341 | SNP | 148,G,A | 1.737 | neutral | |||||||||||||||||
416_ampD | 858 | NP_253212.1 | 188 | 298 bits (763) | 4e-106 | 159/175 (91%) | 3/175 (2%) | S <--> L | 18 <--> 615 | SNP | 18,S,L | -5.859 | deleterious | |||||||||
N <--> F | 20 <--> 617 | SNP | 20,N,F | -4.842 | deleterious | |||||||||||||||||
F <--> T | 21 <--> 618 | SNP | 21,F,T | -6.905 | deleterious | |||||||||||||||||
N <--> E | 22 <--> 619 | SNP | 22,N,E | -2.462 | neutral | |||||||||||||||||
L <--> F | 23 <--> 620 | SNP | 23,L,F | -1.039 | neutral | |||||||||||||||||
--- --> ASA | 26 <--> 623 | insertion | 26,GDA,ASA | |||||||||||||||||||
G <--> S | 49 <--> 646 | SNP | 49,G,S | |||||||||||||||||||
P <--> S | 147 <--> 267 | SNP | 147,P,S | -7.594 | deleterious | |||||||||||||||||
G <--> A | 148 <--> 268 | SNP | 148,G,A | 1.737 | neutral | |||||||||||||||||
P <--> S | 162 <--> 282 | SNP | 162,P,S | -7.888 | deleterious | |||||||||||||||||
P10_ampD_F | 828 | NP_253212.1 | 188 | 292 bits (747) | 7e-104 | 148/162 (91%) | 0/162 (0%) | A <--> G | 52 <--> 255 | SNP | 52,A,G | -1.706 | neutral | |||||||||
R <--> P | 70 <--> 393 | SNP | 70,R,P | -1.316 | neutral | |||||||||||||||||
V <--> G | 74 <--> 397 | SNP | 74,V,G | -6.989 | deleterious | |||||||||||||||||
A <--> P | 76 <--> 399 | SNP | 76,A,P | -4.742 | deleterious | |||||||||||||||||
C <--> W | 92 <--> 415 | SNP | 92,C,W | -2.373 | neutral | |||||||||||||||||
A <--> G | 99 <--> 422 | SNP | 99,A,G | -3.987 | deleterious | |||||||||||||||||
D <--> H | 105 <--> 428 | SNP | 105,D,H | -1.281 | neutral | |||||||||||||||||
A <--> g | 134 <--> 577 | SNP | 134,A,g | -2.201 | neutral | |||||||||||||||||
A <--> g | 136 <--> 579 | SNP | 136,A,g | -2.751 | deleterious | |||||||||||||||||
R <--> P | 153 <--> 596 | SNP | 153,R,P | -6.344 | deleterious | |||||||||||||||||
P10_ampD_R | 850 | NP_253212.1 | 188 | 357 bits (915) | 3e-129 | 183/188 (97%) | 0/188 (0%) | S <--> P | 18 <--> 670 | SNP | 18,S,P | -4.883 | deleterious | |||||||||
F <--> L | 45 <--> 697 | SNP | 45,F,L | -5.914 | deleterious | |||||||||||||||||
G <--> A | 48 <--> 700 | SNP | 48,G,A | -2.910 | deleterious | |||||||||||||||||
G <--> A | 148 <--> 320 | SNP | 148,G,A | 1.737 | neutral | |||||||||||||||||
P11_ampD | 900 | NP_253212.1 | 188 | 360 bits (925) | 2e-130 | 186/188 (99%) | 0/188 (0%) | G <--> A | 148 <--> 600 | SNP | 148,G,A | 1.737 | neutral | |||||||||
D <--> Y | 183 <--> 755 | SNP | 183,D,Y | -1.020 | neutral | |||||||||||||||||
P14_ampD | 891 | NP_253212.1 | 188 | 358 bits (918) | 2e-129 | 185/188 (98%) | 0/188 (0%) | R <--> L | 11 <--> 696 | SNP | 11,R,L | -0.654 | neutral | |||||||||
G <--> A | 148 <--> 353 | SNP | 148,G,A | 1.737 | neutral | |||||||||||||||||
D <--> Y | 183 <--> 148 | SNP | 183,D,Y | -1.020 | neutral | |||||||||||||||||
P15_ampD | 922 | NP_253212.1 | 188 | 361 bits (926) | 1e-130 | 186/188 (99%) | 0/188 (0%) | G <--> A | 148 <--> 623 | SNP | 148,G,A | 1.737 | neutral | |||||||||
S <--> L | 175 <--> 650 | SNP | 175,S,L | -1.544 | neutral | |||||||||||||||||
P18_ampD | 894 | NP_253212.1 | 188 | 360 bits (923) | 3e-130 | 186/188 (99%) | 0/188 (0%) | R <--> C | 57 <--> 744 | SNP | 57,R,C | -0.585 | neutral | |||||||||
G <--> A | 148 <--> 355 | SNP | 148,G,A | 1.737 | neutral | |||||||||||||||||
P19_ampD | 862 | NP_253212.1 | 188 | 335 bits (860) | 7e-121 | 173/174 (99%) | 0/174 (0%) | G <--> A | 148 <--> 323 | SNP | 148,G,A | 1.737 | neutral | |||||||||
P1_ampD | 914 | NP_253212.1 | 188 | 360 bits (925) | 2e-130 | 186/188 (99%) | 0/188 (0%) | G <--> A | 148 <--> 625 | SNP | 148,G,A | 1.737 | neutral | |||||||||
D <--> Y | 183 <--> 780 | SNP | 183,D,Y | -1.020 | neutral | |||||||||||||||||
P24_ampD | 854 | NP_253212.1 | 188 | 353 bits (905) | 1e-127 | 183/188 (97%) | 0/188 (0%) | R <--> L | 11 <--> 663 | SNP | 11,R,L | -0.654 | neutral | |||||||||
P <--> R | 25 <--> 677 | SNP | 25,P,R | -8.615 | deleterious | |||||||||||||||||
G <--> A | 148 <--> 320 | SNP | 148,G,A | 1.737 | neutral | |||||||||||||||||
T <--> I | 166 <--> 338 | SNP | 166,T,I | -3.615 | deleterious | |||||||||||||||||
D <--> Y | 183 <--> 115 | SNP | 183,D,Y | -1.020 | neutral | |||||||||||||||||
P25_ampD_F | 792 | NP_253212.1 | 188 | 270 bits (689) | 2e-095 | 144/190 (76%) | 8/190 (4%) | P <--> T | 126 <--> 570 | SNP | 126,P,T | -5.908 | deleterious | |||||||||
Y <--> V | 127 <--> 571 | SNP | 127,Y,V | -6.141 | deleterious | |||||||||||||||||
T <--> V | 132 <--> 576 | SNP | 132,T,V | |||||||||||||||||||
D <--> H | 133 <--> 577 | SNP | 133,D,H | |||||||||||||||||||
A <--> C | 134 <--> 578 | SNP | 134,A,C | -2.335 | neutral | |||||||||||||||||
Q <--> P | 135 <--> 579 | SNP | 135,Q,P | |||||||||||||||||||
Y <--> G | 136 <--> 580 | SNP | 136,Y,G | |||||||||||||||||||
T <--> R | 137 <--> 581 | SNP | 137,T,R | |||||||||||||||||||
---- --> HGRA | 128 <--> 572 | insertion | 128,TDAQ,HGRA | -18.505 | deleterious | |||||||||||||||||
L <--> D | 139 <--> 583 | SNP | 139,L,D | |||||||||||||||||||
G <--> A | 141 <--> 585 | SNP | 141,G,A | |||||||||||||||||||
T <--> A | 143 <--> 587 | SNP | 143,T,A | |||||||||||||||||||
L <--> G | 145 <--> 589 | SNP | 145,L,G | |||||||||||||||||||
R <--> P | 147 <--> 591 | SNP | 147,R,P | |||||||||||||||||||
A <--> G | 148 <--> 592 | SNP | 148,A,G | |||||||||||||||||||
A <--> D | 149 <--> 593 | SNP | 149,A,D | |||||||||||||||||||
F <--> H | 150 <--> 594 | SNP | 150,F,H | |||||||||||||||||||
I <--> T | 153 <--> 597 | SNP | 153,I,T | |||||||||||||||||||
T <--> H | 154 <--> 598 | SNP | 154,T,H | |||||||||||||||||||
E <--> G | 156 <--> 600 | SNP | 156,E,G | |||||||||||||||||||
R <--> P | 157 <--> 601 | SNP | 157,R,P | |||||||||||||||||||
G <--> L | 160 <--> 604 | SNP | 160,G,L | |||||||||||||||||||
H <--> S | 161 <--> 605 | SNP | 161,H,S | |||||||||||||||||||
C <--> L | 162 <--> 606 | SNP | 162,C,L | |||||||||||||||||||
D <--> R | 163 <--> 607 | SNP | 163,D,R | |||||||||||||||||||
I <--> S | 164 <--> 608 | SNP | 164,I,S | |||||||||||||||||||
PER --> --- | 166 <--> 610 | deletion | 166,PER,. | |||||||||||||||||||
T <--> P | 170 <--> 614 | SNP | 170,T,P | |||||||||||||||||||
D <--> I | 171 <--> 615 | SNP | 171,D,I | |||||||||||||||||||
G <--> V | 173 <--> 617 | SNP | 173,G,V | |||||||||||||||||||
E <--> Y | 174 <--> 618 | SNP | 174,E,Y | |||||||||||||||||||
D <--> * | 177 <--> 621 | SNP | 177,D,* | |||||||||||||||||||
W <--> L | 178 <--> 622 | SNP | 178,W,L | |||||||||||||||||||
S <--> V | 179 <--> 623 | SNP | 179,S,V | |||||||||||||||||||
L <--> L | 182 <--> 741 | SNP | 182,L,L | |||||||||||||||||||
P25_ampD_R | 799 | NP_253212.1 | 188 | 216 bits (551) | 103/106 (97%) | 0/106 (0%) | A <--> G | 109 <--> 485 | SNP | 109,A,G | 0.066 | neutral | ||||||||||
C <--> N | 110 <--> 486 | SNP | 110,C,N | -12.000 | deleterious | |||||||||||||||||
P2_ampD | 918 | NP_253212.1 | 188 | 360 bits (925) | 2e-130 | 186/188 (99%) | 0/188 (0%) | G <--> A | 148 <--> 616 | SNP | 148,G,A | 1.737 | neutral | |||||||||
D <--> Y | 183 <--> 771 | SNP | 183,D,Y | -1.020 | neutral | |||||||||||||||||
P46_ampD_R | 865 | NP_253212.1 | 188 | 363 bits (933) | 6e-132 | 187/188 (99%) | 0/188 (0%) | G <--> A | 148 <--> 320 | SNP | 148,G,A | 1.737 | neutral | |||||||||
P6_ampD | 896 | NP_253212.1 | 188 | 260 bits (665) | 138/146 (95%) | 0/146 (0%) | F <--> G | 45 <--> 338 | SNP | 45,F,G | -8.870 | deleterious | ||||||||||
G <--> N | 46 <--> 339 | SNP | 46,G,N | -5.729 | deleterious | |||||||||||||||||
G <--> A | 48 <--> 341 | SNP | 48,G,A | -2.910 | deleterious | |||||||||||||||||
K <--> N | 49 <--> 342 | SNP | 49,K,N | -0.582 | neutral | |||||||||||||||||
V <--> R | 50 <--> 343 | SNP | 50,V,R | -6.342 | deleterious | |||||||||||||||||
A <--> K | 52 <--> 345 | SNP | 52,A,K | -0.707 | neutral | |||||||||||||||||
F <--> I | 53 <--> 346 | SNP | 53,F,I | -3.992 | deleterious | |||||||||||||||||
L <--> R | 58 <--> 351 | SNP | 58,L,R | -5.942 | deleterious | |||||||||||||||||
P7_ampD_R | 864 | NP_253212.1 | 188 | 245 bits (626) | 0.12 | 116/121 (96%) | 0/121 (0%) | G <--> A | 116 <--> 528 | SNP | 116,G,A | -6.000 | deleterious | |||||||||
I <--> S | 117 <--> 529 | SNP | 117,I,S | -5.941 | deleterious | |||||||||||||||||
E <--> N | 118 <--> 530 | SNP | 118,E,N | -5.000 | deleterious | |||||||||||||||||
L <--> W | 119 <--> 531 | SNP | 119,L,W | -5.929 | deleterious | |||||||||||||||||
E <--> R | 120 <--> 532 | SNP | 120,E,R | -5.000 | deleterious |